案例：2001年，经有关部门批准，由国有独资企业B集团独家发起、募集设立A股份有限公司，国有股权占72%。A股份有限公司由B集团下属四家子公司组建，上市时带入了原企业大量不良不实资产，债务包袱沉重，给企业发展带来很大困难，多次受到证券监督管理部门的重点关注。2005年，证券监督部门下达《关于不良不实资产及违规担保等问题限期整改的通知》，清查出A股份有限公司国有出资股权中的不良不实资产1.3亿元。为落实整改要求，B集团报请国土资源部门，并经省政府同意，以8宗土地（备案价9500万元）协议转让给A股份有限公司，实行不良不实资产的置换。由于B集团没有能力缴纳25%的土地出让金，以其作为国家作价入股的方式进行处置，即25%作为国有股权委托土地资产经营公司持有。2007年，相关土地权证已办到A股份有限公司名下。
为进一步落实证券监管部门对作价入股土地方式提出的质疑，完善产权手续，提升资产质量，A股份有限公司于2010年向省政府请示，以现金一次性购买土地资产经营公司持有的股权（实际为土地出让金），与土地资产经营公司解除股权关系。省政府同意A股份有限公司与土地资产经营公司解除股权关系。
A股份有限公司在办理土地变更过程中涉及契税等税收问题。企业认为，基于以下几点理由，应免征契税：
1、此次土地变性为历史遗留问题。省政府同意以土地进行不良不实资产的置换，根据《财政部 国家税务总局关于企业事业单位改制重组契税政策的通知》（财税[2012]4号）第八条规定：“对承受县级以上人民政府或国有资产管理部门按规定进行行政性调整、划转国有土地、房屋权属的单位，免征契税”。
2、此次土地变性只涉及到土地性质的变化，而没有涉及权属的转移。
3、公司接收8宗土地，同时承继了原企业的权利和义务，妥善安置了原企业职工，与员工签订了服务年限不少于3年的劳动用工合同，根据财税[2012]4号文件第五条之规定，应免征契税。
解析： B集团将8宗划拨土地置换到A股份有限公司，根据现行契税政策，这一过程涉及到两个环节的契税：一是土地变性环节，即由划拨地变为出让地环节。财税[2012]4号文件第十条规定，以国家作价出资（入股）方式承受原改制重组企业、事业单位划拨用地的，不属上述规定的免税范围，对承受方应按规定征收契税。因此，B集团应按规定缴纳契税，其计税依据为为补交的土地使用权出让金及相关费用，在本案中具体为土地评估备案价9500万元的25%，即2375万元。二是置换环节。A股份有限公司作为承受方，是这一环节的契税纳税人，其计税依据为土地的成交价格，在本案中具体为土地评估备案价9500万元。
考虑到A股份有限公司承受土地土地使用权的特殊情况（即该公司上市时被注入了大量不良不实资产，债务包袱沉重，受到证券监管部门的重点关注，并提出限期整改，B集团据此在省政府同意的情况下，对不良不实资产进行置换），从用好用足用活政策，服务地方经济发展的思路出发，税务部门和财政部门经过多次研究，形成如下意见：
（一）A股份有限公司提出的免税理由不充分。首先，行政性调整、划拨国有土地、房屋权属免税的范围仅限于国有产权主体之间，A股份有限公司是上市公司，不符合相关条件；其次，相关资料显示，A股份有限公司主要是接收8宗土地，而不是整体收购相关企业，不能适用财税[2012]4号文件第五条之规定。
（二）从依法治税和充分考虑客观实际，保障纳税人的合法权益出发，财税部门形成如下处理意见：1、土地由划拨地变性为出让地环节应依法征收契税。计税依据为补缴的土地使用权出让费用或者土地收益，应按规定缴纳契税95万元(9500×25%×4%)。2、考虑到8宗土地是为置换初始上市时投入的不良不实资产，可视为在发起设立时就投入，财税[2012]4号文件第一条第二款规定：“非公司制国有独资企业或国有独资有限责任公司，以其部分资产与他人组建新公司，且该国有独资企业（公司）在新设公司中所占股份超过50%的，对新设公司承受该国有独资企业（公司）的土地、房屋权属，免征契税”。B集团占A股份有限公司的股份达到72%，超过50%，因此对A股份有限公司承受B集团的土地可以免征契税。
